03-Python conda 使用

• 官方文档：https://docs.conda.io/en/latest/
• 官方命令文档：https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/commands.html

小环境

安装软件前，先设置一个小环境，不要直接在自己账户的当前环境内安装软件。

怎么理解这句话呢？比如你在家里有个储藏室，但是你还可以再放进去一个柜子，柜子里放需要存的东西，这个柜子就类似一个小储藏室，一个小环境，并且储藏室的环境包含了这个柜子的环境。

你可以创建很多小环境名，有的小环境坏了，你不要就可以了，就好比柜子坏了，你可以扔了，但是如果你把自己账户环境折腾坏了，好比储藏室被你搞坏了，那恢复的代价就高了。

创建小环境

# 创建一个小环境名为rna
conda create -n rna

# 安装python 2版本
conda install python=2

# 以上两句话可以等同于一句命令
conda create -n rna python=2

查看小环境

# 下面都是来查看已经存在小环境名的
conda info -e
conda info --envs
conda env list

# 运行后如下：rna即为刚刚建立成功的小环境名

$ conda info -e
# conda environments:
#
base                  *  /home/you/miniconda2
rna                      /home/you/miniconda2/envs/rna

进入小环境

创建小环境后，安装软件前，一定要进入/激活小环境在安装，否则会安装到当前账户环境下。

# 激活小环境名为rna的环境
source activate rna
# or
conda activate rna

激活成功显示为：**(rna)** you 16:49:30，用户名前多了(rna)。

退出小环境

conda deactivate:
# or
source deactivate

移除小环境，删除小环境及里面的内容

conda env remove --name bio-env

conda search 查找软件

• 从 conda 网页内查找：https://bioconda.github.io/conda-package_index.html
• 运行命令查找是否存在：conda search PACKAGENAME。

conda install 安装软件

先从 bioconda镜像 查看需要安装的包名，包名不能错，否则会安装到带毒的包。

语法

conda install 软件名 --quiet

参数解释

• -y, --yes：同意安装。
• --quiet：静默安装，不输出信息。

示例

conda install -y sra-tools trim-galore

安装指定版本软件

# 安装能模糊匹配到1.11 的版本
conda install numpy=1.11

# 精确安装numpy为1.11的版本
conda install numpy==1.11

Constraint type	Specification	Result
Fuzzy	numpy=1.11	1.11.0, 1.11.1, 1.11.2, 1.11.18 etc.
Exact	numpy==1.11	1.11.0
Greater than or equal to	“numpy>=1.11”	1.11.0 or higher
OR	`”numpy=1.11.1,1.11.3”	1.11.1, 1.11.3
AND	“numpy>=1.8,<2”	1.8, 1.9, not 2.0

conda update 更新软件

语法

conda update 软件名

参数

• --all：更新环境中的所有包。
• --quiet：不显示进度条。

示例

# 更新 conda
conda update conda

# 更新bwa，前提是已经安装成功bwa
conda update bwa

conda list 查看已安装软件

在当前小环境下，列举所有安装软件。

语法

conda list

示例

# 列举rna小环境内安装的所有软件
source activate rna
conda list

conda config 配置

修改.condarc中的配置值。这是根据git建模的config命令。默认情况下，写入用户的.condarc文件（/home/docs/.condarc）。使用–show-sources标志，显示配置位置。

语法

usage: conda config [-h] [--json] [-v] [-q] [--system | --env | --file FILE]
                    [--show [SHOW ...] | --show-sources | --validate |
                    --describe [DESCRIBE ...] | --write-default]
                    [--get [KEY ...] | --append KEY VALUE | --prepend KEY
                    VALUE | --set KEY VALUE | --remove KEY VALUE |
                    --remove-key KEY | --stdin]

参数

• -v, --verbose：显示详细信息。
• -q, --quiet：不显示进度条。
• --system：设置写入配置文件/home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/continuumio-conda/envs/latest/.condarc。
• --system：写入活动的 conda-environment.condarc文件（）。如果没有活动的环境，请写入用户配置文件（/home/docs/.condarc）
• --prepend, --add：配置的值为列表时使用。
• --set：配置的值为布尔或者字符串时使用。

示例

# 增加 channels 的值。
conda config --add channels conda-canary

# 设置 verbosity 的值为 3
conda config --set verbosity 3 --env